尽管美国高层得到消息，并且经过紧急会议决定下令巴克纳停止第31师的行动，同时派出军事调查组赶赴庆良间列岛进行调查，但是还是太晚了，冲突还是发生了，第16师和美军第31师左翼遭遇在一片开阔地上。
左翼美军是第31师师部、直属部队还有两个步兵团，人数不足七千人，而华泰国来的可是全部力量，32000人，实力相差悬殊，美军31师两个步兵团很快被第16师一个坦克装甲团和两个机械化野战步兵团包围，在这一过程中，双方都保持了克制，没有发生擦枪走火的情况。
美军31师师长温格眼见自己的师部和两个步兵团被包围，顿时大急，立即命令右翼部队两个团迅速向主力靠拢，解救师部，殊不知这正中了第16师师长蓝正良的下怀。
包围美军31师左翼部队的确实只有第16师两个团，而其余的部队却不见了，等到美军右翼部队赶到正准备对第16师两个团实施反包围的时候，却突然从后背出现了大量的第16师部队，就这样，美军第31师两支部队被分成两个部分包围在16师的包围圈中。
美军在庆良间列岛上最大的一支部队就这样被包围了，其余的都是一些基地设施的保卫部队，根本没什么威胁。
就在此时，第16师师长蓝正良接到了第三集团军司令部的命令，将美军第31师全部缴械，此事就到此为止，不得再进行其他的行动，部队就地驻扎等待命令。
第16师师长蓝正良还算头脑清醒，还没狂妄到连上级命令都不听的程度，当即下达将美军第31师全部缴械的命令，同时命令部队就地驻扎看守美军第31师全部官兵。
事件发生的第二天，第16师师长接到了新的命令。部队交由参谋长统帅，第16师师长蓝正良立刻乘专机回国述职，蓝正良接到命令后心里忐忑不安，难道上面打算解除他的兵权？但他还是迅速收拾行装赶往机场。
按理说这件事情过程中，第16师始终都保持着克制的态度，并没有什么过火的行为，就算没有接到上级的指令就开始了行动。这也是被逼无奈，在当时的情况下，如果不自行决定，延误战机，很可能被美军第31师包了饺子，作为一个师级主官绝对有权这么做。
因为这件事情。盟军进攻冲绳岛的战事不得不再次停了下来，原本这次第16师是作为攻击冲绳岛北部主力的，但是经过这件事情，下次进攻肯定不是短时间之内能发起的，必须要解决内部隐患才能展开进攻，而第16师何去何从还是一个未知数。
直到整个事情结束一天之后，美军其他部队主官才知道发生了这件事情。外界媒体也在几天之后才得到了消息，得到消息的德日几国更是在报纸上幸灾乐祸。
这几天美军除了向日军阵地投放大量的炸弹之外什么事情都没有干，而日军对盟军的炮击微乎其微，这几天日军打出的炮弹用手指头都数得过来。
冲绳岛南部一处日军防御坑道内，牛岛满的副手长勇少将带着几个大佐和中佐在此地巡视阵地。
长勇这个人也许不太出名，但是这个人可是一个不折不扣的刽子手，1928年陆军大学40期毕业，和额田坦。今井武夫，片仓衷同期。1929年任步兵第四十八联队中队长，后入参谋本部支那课。1930年成为桥本欣五郎的樱会的核心人物之一，参加编写《国家改造案》。1931年擅自从北平返回参加策划十月事件。失败后受到轻微处分。1933年8月任台岛步兵第一联队大队长，34年8月第16师団留守参谋，1935年12月成为参谋本部员支那课中佐课员兼陆大教官，参谋本部付汉口武官。中日战争爆发后任上海派遣军参谋兼华中方面军参谋。12月任朝香宫鸠彦王指挥下的情报主任参谋。攻占中国首都南京后，起草了杀掉全部俘虏的命令。
南京大屠杀的命令就是长勇起草发布的，当时他只是一个中佐，1938年三月之后。他被任命为朝鲜军属下的第十九师团步兵第七十四联队长。同年7月晋升大佐。张鼓峰事件参战。39年3月任驻大同的驻蒙军第二十六师团参谋长、40年8月台岛军司令部付，9月印度支那派遣军参谋长，41年6月第二十五军副参谋长，10月陆军省军务局副，晋升少将。参与策划马来亚战役。太平洋战争开始的时候是南方军司令部付，法属印度支那特务机关长。1942年7月再次兼陆军省军务局付，11月第十师团步兵指挥官。关东军总司令部付，参谋本部付。1944年7月任第三十二军参谋长，辅佐牛岛满中将。他虽然参谋经验丰富但却是莽撞猛进型的军人，在梦中都喊着突击、突击，被参谋背地里说成是睡觉都能和别人吵起来的人物。
长勇这个人性格异乎寻常，曾经跟他一起工作的同事田中隆吉大佐在《被割断的历史（战败秘话）》一文中这样写道：曾听长勇夸口说过他下令杀了30万中国人。长勇是我的同事，曾在参谋本部的一个课里和我一起工作过，相互熟悉。他实际上是三月事件和十月事件的中心人物，他是个赫赫有名的无比蛮横的人。他的性格却不像表面上看来那样豪放，对世间的毁誉褒贬极为敏感，颇有强烈的功名心。他最大的缺点是不管正确与否，总自以为是，什么样的恶毒手段都施得出来，毫不反省自己，是个行动家。长勇对我总要让一步，主要是他在年轻时曾迷恋于女色，我曾帮了他一把。还有，我的腕力也远比他强。因此，他不大敢在我面前信口雌黄。
一次师团在朝鲜罗南召开团队长会议期间，长勇和我住在一起，我在这段时间从他口里听到了令人吃惊的事实，那就是震撼世界的、在南京附近大量屠杀中国人的真相。有一天，他对我说：“在攻打南京时，我在朝香宫鸠王指挥的华中派遣兵团里任情报主任参谋。我军在上海附近的战斗中经艰苦奋战后逐渐取得胜利，转向进攻，向镇江附近挺进。由于在杭州湾登陆的柳川兵团推进神速，大约有三十万中国兵被切断了退路，他们丢下武器，向我军投降。要处理这么多俘虏，粮食方面是个最大的问题。在事变开始时，我很高兴，认为对在通州杀害日本人事件进行报复的时机到来了（长勇在北平职期间曾居住于通州）。我立即擅自向所属各部队发出命令：应全部杀掉这些俘虏！我利用军司令官的名义，通过无线电讯传达了这项命令。命令的全文当即烧毁。由于这一命令，大屠杀开始了。然而，其中也有逃亡的人，不能说全都被杀掉。我相信，我不仅由此对通州的屠杀进行了报复，而且得以告慰已牺牲的诸位挚友无辜的在天之灵。”
我怀疑自己的耳朵，并认为长勇所说的话是长勇在胡言乱语，对此并不相信。停战后，我从各方面了解到日本军在南京附近进行屠杀的全部情况。而且试对如何进行如此大规模的屠杀的问题作了研究。得出的结论是，我不得不肯定长勇在朝鲜罗南说的话是真实的。原因是，如此大量的屠杀，如果不是在军队的统一指挥下采取集体行动的话，那是绝对不可能办到的，而且这种集体行动只有遵照上司的命令才能进行。此外，友军柳川平助的兵团并没有任何屠杀行为，这就证实了长勇谈话的真实性。
长勇是昭和六年三月事件的中心人物，第二年夏天，他来上海看我。我当时任公使馆武官。他洋洋得意地对我谈起了屠杀事件的情况，同时”他以法国大革命中马拉和丹东自诩。我认为，长勇是个极端爱耍花招的人，另一方面又十分残暴，在性格上，同马拉、丹东等人是一脉相承的，这是事实。
对镇江附近的俘虏所进行的善后处置，即使人数是大量的，如果冷静对待，也是非常简单的。那就是没收他们的武器，释放回乡。因为战场是中国的领土，这样做非常容易。可是，长男十分残酷，他借口要对通州事件进行报复，以致进行大量屠杀。尝过一次血味的人，只把杀人当作家常便饭，往往与猛兽没有两样。这些官兵在镇江附近＂yun xi＂了大量鲜血，他们在进入南京的同时，其残暴性有增无减。总之，当时震惊世界的南京屠杀事件，是长勇一个人独断独行引起的悲剧。
不论田中隆吉在《被割断的历史（战败秘话）》一文中所写的是否是事实，可以这样认为，这些事，长勇是做得出来的。然而，不管他多么反常，我们能相信一个微不足道的中佐参谋可以不通过军司令部召开的会议，随便利用军司令官朝香宫鸠王的名义向所属师团长下令全部枪杀俘虏吗？他胆敢这样说，也许是企图把屠杀俘虏的责任由自己一人承担下来吧。不管怎样，以军司令官朝香宫鸠王的名义发出了关于屠杀俘虏的命令，这一点是肯定无疑的。