一九四一年三月，卫立煌应召到重庆述职。蒋对卫在第一战区偏与八路军的关系加以责备，并声言要撤他河南的省主席之职，卫对此不服，一气之下，告假到峨眉山休息。五月，突获前线紧急军情，中条山失陷，心中非常不安。他深知中条山形势险要，关系到黄河两岸的安全。便日夜兼程赶回洛阳，立即布置兵力作收复中条山的战斗准备。有参谋人员向他报告说：“日方炮火猛烈，攻山部队难免有过大牺牲，不易取胜。”卫乃与参谋人员和炮兵、工兵等技术人员共同研究如何减低敌人炮火的杀伤力。结果，创造出一种可以携带的临时防御工具，掩护部队挖壕作业。卫命令攻山部队迅速仿造，携带攻击前进。这一工具在收复中条山战役中．发挥了作用，不仅掩护自己而且重创敌人。以后在不断改进中被称为“活动堡垒”。中条山会战重创日军后，卫立煌率部实行了战略转移。
十月四日中午，郑州失守。卫立煌召开军、师长以上的军事会议。卫指出驻守郑州的司令官孙桐萱玩忽职守，责令他带领第三军团，负责将郑州收复。孙桐萱统率全兵团三个师，拼死向郑州猛扑。卫立煌也亲临前线督战。经一昼夜厮杀，日军败退到中牟，郑州失而复得。卫进驻郑州市陇海花园，视察市区遭日军破坏后的凄凉景象，并部署防守任务后，乘专车回洛阳。他在洛阳西车站，受到洛阳数万市民的热烈欢迎。人们呼喊着“热烈欢迎卫长官凯旋归来”的口号，高唱“卫长官，指挥好”的歌曲：中条山高又高，卫长官指挥好，飞机轰不动，大炮打不倒。活动堡垒威力大，我们守得牢又牢，打得鬼子无处逃，无处逃！
一九三九年九月，重庆国民政府发布卫立煌兼任河南省政府主席。就任不多时，突接他的妹妹淑如自成都来电，传来了他的夫人朱韵珩在成都病逝的噩耗。他含着悲痛，飞赴成都，安慰了宋太夫人，并嘱咐妹婿沈树森将女儿道蕴、儿子道然送洛阳来，他原机飞返洛阳。在卫主政河南时期，他和**领导人八路军高级指挥员之间，往来更加密切。八路军在洛阳设有办事处。每当周恩来副主席、朱德总司令、彭德怀副总司令以及**、薄一波、萧克、左权等人来到洛阳时，卫立煌都是亲自迎接，设宴款待，并招待看戏。
由于国民党内部派系之间的权利相争，以卫立煌在第一战区司令长官兼河南省主席的任期内，连年受到控告。军统、中统特务系统早就以卫立煌“袒护**，怀有异心”为辞，告到蒋介石那里。特务头子戴笠还飞到洛阳来搜集卫和**人往来之间的所谓“材料”，又逮捕了一些进步的无辜的青年。汤恩伯、蒋鼎文对着河南省主席这一“美缺”馋涎欲滴，一再告状。蒋介石于一九四一年夏，革去了卫立煌陆军上将衔。同年岁末，蒋介石又用明升暗降的手法，免去了卫第一战区司令长官本兼各职，调任西安西北行营办公厅主任。任命蒋鼎文为第一战区司令长官、汤恩伯为副司令长官，兼河南的省主席，总揽第一战区军政大权。
一九四二年春，卫立煌离开洛阳去西安就任西安西北行营办公厅主任时，当他乘车离开洛阳长官司令部前往火车站途经市区时。曾受到洛阳各界群众十余万人，焚香夹道相送，情况至为热烈为这位因战功显赫而遭削去兵权的抗日虎将饯行，这种事情只有在前清的一位道台离任的时候才发生过！卫立煌本人，也有留恋不舍之情。【\\/本\\/文\\/来\\/自\\/八\\/戒\\/中\\/文\\/网\\/】当他的车子开出洛阳西车站后，他又命令司机，将坐车折转到原住处的东花园兜了一个大圈子才离开。卫立煌对他调任西北行营主任一事，明知是蒋介石使的一套手法。他虽想撒手不干，但蒋令难抗，就不得不去西安就职，以避免事态僵化。卫离洛阳去西安后，他的亲属、故旧和高级幕僚，纷纷迁往成都居住。这是卫立煌事先选定好的退居地点。卫立煌在西安任职仅一个月，便到成都赋闲。
太平洋战争爆发后，国民党政府接受美国意见，成立远征军，由史迪威担任总司令。一九四四年夏，史迪威成功地训练了新一军、新六军，又反攻缅北获胜，取得了经验，便向蒋介石提出在昆明分两期训练国民党六十个师的建议。蒋介石考虑到由美国人训练，由美国人提供武器装备，部队全部换成美式装备，当然求之不得，立马批准了史迪威的建议。在蒋介石的支持下，在云南建立了以陈诚为首的远征军司令部，第一期从江西、湖北、四川等地抽调十二个军三十一个师，在云南集中训练。史迪威通过美国国防部，调来一批教官。陈诚忙了一阵，筹建工作完成后又另有重任，便由卫立煌接替了远征军司令官一职。
日军得到这一情报后，立即将陆军大将寺内寿一委派为日军滇缅战区的总司令，来和卫立煌相匹敌。
一九四四年春，卫偕秘书长戴允荪，由成都飞重庆，面见蒋介石后，开始就任远征军司令长官之职。四月，率戴允荪、蒋炎、彭子芳、巫咏翘、梅约翰等人乘专机赴昆明，设办事处于昆明昆华中学。卫在昆明停留期间，和龙云、美军顾问团人员、十四航空队的陈纳德以及云南各界人士，举行会谈多次。然后乘车前往远征军司令长官部所在地－－楚雄。在楚雄，又召开了有副司令长官黄琪翔、参谋长萧毅肃、秘书长戴允荪、兵站总监司可庄，参谋处长季鼎生、军需处长彭子芳、高参叶粹武及集团军司令黄杰、霍揆彰等高级将领和幕僚参加的军事会议，布置渡江战役。为了便于指挥，在会上决定，将司令长官部迁至距怒江东岸仅九十余华里的保山城东郊马王屯。
一九四四年四月，卫立煌亲赴前线察看，并寻觅适当的渡江点。又多次召开将领会议，制订作战方案，正当士气旺盛，各方面布置就绪，准备渡江出击之际，突然传来令人吃惊的消息：“日军由广西渡过金城江，侵占了贵州省独山。贵阳吃紧，重庆震动；”同时又传出：“汪伪政府派出代表，潜入昆明，怂恿龙云及其部属叛国投敌。”跟着，卫立煌即接到蒋介石的加急电，命卫回师禄丰、楚雄一带，监视龙云，严防龙部异动。并抽调部队，驰援贵阳。对此．卫反复沉思，认为：当前最主要的大敌是隔江相对的日军，如果放弃江防，把大军撤到昆明附近，日军便可随时强渡怒江，摄远征军之后，昆明也就危如累卵，旦夕难保。那就恰恰中了敌人内外夹攻之计。至于龙云是否叛国，其部属有无异动，尚在两可之间，就目前局势而言，只好将“加急电”搁过一边，暂不置理了。于是卫立煌一方面抽派部队，空运贵阳增援，一方面继续为渡江战役加紧部署，按原计划进行。
一九四四年五月，渡江战役序幕揭开。卫立煌首先将号称“活动要塞”的炮兵第十团调入阵地。第十团炮兵阵地布置在日军炮兵射程之外。任务是摧毁敌方防线，掩护大军渡江。又在惠通山一带，设立前线指挥部。他亲临前线指挥五个军。怒江西岸，有日军数万之众，盘踞在崇山峻岭之中。江上原有一座通向东西两岸的重要桥梁名惠通桥。一九四二年为日军炸毁。卫深知，要打通滇缅公路，收复被日军占据的腾冲、龙陵、芒市、畹町等战备要地，首先必须渡过怒江，消灭高黎贡山区固守之敌。因此，卫经过周密的计划，于五月中旬，兵分数路，从惠通桥上游和三江口等处，在炮兵的掩护下，相继强渡怒江，获得成功。
九月间，远征军又一举攻下日军总司令部所在地腾冲。
日军另一重要据点松山，位于惠通桥西对岸。敌人用国民党滇缅路失守时，遗弃下来的钢板、圆铜、汽油筒、汽车轮胎、树干和泥土，构筑不少的要塞碉堡，工事极为坚固，易守难攻。远征军虽以大军和重型火力，围攻两个多月，伤亡较大，仍无法攻克。于是—面以工兵山炮、榴弹炮配合空军，轮番轰击；一面以工兵从惠通桥下挖坑道，掘径前进，直到敌阵地前沿，短兵相接，发挥火焰喷射器的威力，再从坑道下面用**炸毁敌堡，从而攻克松山。当时除在残埠内俘获敌人一些重伤员和二十四名营妓外，余敌全部被歼。
从强渡怒江到夺取松山，共歼日军达两个师团，远征军声威大振，士气更加高昂。继之，又乘胜前进，很快收复了龙陵、芒市、遮放直到畹町。一九四五年初，日军败退到缅甸境内的九谷、八莫、南坎、腊戍带，意图固守。他们仍欲利用这—地带来阻止我滇缅公路与雷多公路的连接，但是追兵如风卷残云之势随之来到，不让敌人有喘息之机。当远征军与盟军在芒市、与畹町之间会师后，在遮放地区隆重举行庆功大会。会议由卫立煌亲自主持并讲了话，参加大会有各集团军总司令，美军魏德迈和军、师长等以及部队共约十多万人。正当大会进行时，敌军突然向会场周围发射几十发炮弹。会场顿形混乱，但卫立煌非常镇静、指挥军民卧下避弹。炮击停止后，继续开会，士气分外激昂。会毕，远征军继续西进。在远征军由东向西，中美混合团由北向南的交叉夹击下，日军退守腊戍、曼德勒以南，至此。远征军完成了打通中印公路交通的使命。美援物资，得以源源流入中国。蒋介石趁机用美国的新式武器，装备了他的新军，为以后发动内战做准备。
中印公路畅通后，卫立煌回到保山马王屯长官部稍事休息，即偕秘书长戴允荪，飞赴重庆述职。下机后，驱车至嘉陵新村郭寄峤家下榻，等候蒋介石接见。卫、郭见面时，郭屏退左右，向卫立煌和戴允荪说：“这次见老头子，依我看来，不但受不到嘉奖，还免不了受到申饬。前几天，我和老头子共进早餐。谈到滇缅战役，老头子愤怒异常，稀饭从口中喷出说：‘卫俊如不听指挥，不顾大局，擅自渡过怒江作战。如果龙云异动，贵阳失守，重庆不保，局面将不可收拾。’长官这次见蒋，实要多加小心；据我所知，何应钦、陈诚，也都和蒋有同样看法。”卫立煌愤慨地说：“事实证明，我的主张是对的，打通滇缅路，我是有功的。”次日，卫立煌见蒋时，果然受到蒋的训斥。虽多方解说，终未能改变蒋的看法而且越说越陷于僵局。蒋介石遂下令撤销远征军司令长官部，改为滇西警备司令部，任命黄琪翔为警备司令。卫立煌为陆军副总司令，作为何应钦总司令的助手。
卫立煌回到保山后，一方面拒不撤销长官部；一方面命秘书长戴允荪飞重庆、昆明向何应钦、吴忠信等游说，希望能担任一个战区司令长官，好去前线拼杀。如此僵持了两个多月的时间，但蒋介石使用明升暗降夺去卫立煌军权的做法，丝毫也不改变。
一九四五年五月，卫立煌在昆明就任陆军副总司令。六月卫将军与韩权华女士在昆明金碧路锡安圣教堂，举行结婚典礼。何应钦为主婚人，龙云为证婚人。
卫立煌在打通滇缅公路的战役中，扬名中外，还结识了一些美军顾问团的高级将领。有些美军将领，认为卫立煌在**无能的蒋军中算得是一员出色的干将。经他们的宣扬和活动，一九四六年冬，美**方向卫立煌发出到美国和欧洲作军事考察的邀请。这时蒋介石正考虑到：卫立煌仍有可以利用之处，不宜对他过于冷淡，因此就势批准了这一邀请。
一九四六年十一月，卫立煌将军偕夫人韩权华，带两名秘书到美国考察军事。他在美国，受到美国国防部和参谋长联席会议的热烈欢迎，也受到留美侨胞的欢迎和款待。
一九四七年七月，卫立煌由纽约乘飞机赴巴黎，开始欧洲考察。十月间，卫奉蒋介石电召，和韩权华一道，回到南京，住上海路五号私人寓所。不久，写出《考察欧美军事报告》一文。
一九四七年八月初，蒋介石派陈诚秘密赴沈阳，接替熊式辉的东北行辕主任之职。十月，人民解放军发动秋季攻势，先后消灭陈诚部十万多人。一九四八年元月六日一夜之间，陈诚的新五军，遭到解放军的奇袭，消灭殆尽。陈诚只得自认指挥无方。蒋介石便召卫立煌面谈，要卫去东北挽回大局。
一月十七日，蒋明令派卫立煌为东北行辕副主任兼东北“剿匪”总司令。为了顾全陈诚的面子，名义上仍让陈诚兼任东北行辕主任，由卫代行职权。二月十二日，又令卫兼代主任。卫立煌不得已，只好于二十一日飞抵沈阳。此时东北“剿匪”总部，形成瘫痪状态。军事形势，在东北人民解放军冬季攻势继续进行下，十分紧张。卫立煌决定在军事上采取持重方针。他的策略是：把部队集中在沈阳附近不动。不论人民解放军打到哪里，也不论守城部队如何告急，即使蒋介石再三电令他派兵解围，也一概不为所动。蒋介石对卫立煌连日来不肯出兵，坐守沈阳的策略，十分不满。严令卫立煌只留少数兵力守沈阳，把主力部队向南开，打通沈锦路，严守锦州。卫立煌不接受蒋的命令，因此，蒋卫之间的矛盾，越来越尖锐。
三月九日，解放军解放永吉和电都小丰满。十三日解放四平街。解放军冬季攻势，至此告一段落，先后共歼蒋军十五万余人。东北蒋军只剩下长春、沈阳、抚顺、本溪、锦州、葫芦岛等几个孤立据点。沈阳、长春的军民补给全靠飞机运输。卫立煌的计划是，加紧补充训练，长期固守沈阳。但是，蒋介石始终不忘将沈阳主力撤到锦州的念头。以沈阳、长春交通断绝，空运补给无法维持为理由，一再要卫将主力撤到锦州，只留少数守沈阳。卫立煌坚决反对。五月初，蒋又令打通沈锦线，将主力撤至锦州。卫未完成整训计划，当然不同意。派赵家骧、廖耀湘代表他赴京，面蒋请示机宜。蒋听完汇报后，对卫立煌意见不予理睬，便下令决定：只留五十三军和二零七师(都是原东北军)守沈阳，其他各兵种混合在一起，编为一个机动兵团，并指定归廖耀湘统率。廖觉得机动兵团可以扩充个人势力，立即表示接受。卫立煌感到，自己已被蒋置于无权过问的地位，仍坚决反对，不予执行。