佩德罗二世签署退位诏书的消息扩散到皇宫之外，加西亚上将、埃贝尔中校、洛雷托男爵等部分保皇党军官察觉到，里约热内卢城内的局势已经无法逆转，因此，以加西亚上将为首，几支分散的保皇党军队趁着城内混乱的时机，迅速聚集在一起，护送着巴西帝国皇储伊莎贝拉公主和她的丈夫伊尤伯爵离开里约热内卢，然后登上五艘保皇党控制的军舰，启程前往巴西北部地区。…………
军事政变发生后的第四天上午，共和派、民主派两方联合宣布建立共和政府，推举丰塞卡为新政府临时总统，共和派领袖莫拉伊斯为议会议长，佩绍托等参与政变的将领和政府官员则分别瓜分剩下的政府要职。
共和建立，莫拉伊斯第一时间拜访英国驻巴西公使，承诺遵守巴西帝国时期与英国达成的一切政治经济合作，共和政府的表态赢得了英国政府的认同与赞赏，作为回应，英国驻巴西公使奥斯顿宣布，英国政府尊重巴西人民的意愿，承认新政府的合法性，并且愿意与巴西政府就两国的交流与合作，展开更加深入的沟通。
南美第一领土大国在几天完成了政权的替换，随着帝国首都政变成功的消息扩散到巴西全境，圣保罗州、巴拉那州、戈亚斯州等重要地区顺利落入共和政府手中。
巴西海军主要军舰停靠在圣保罗和里约热内卢两地，加西亚上将逃离里约热内卢的时候，利用海军士兵们对伊莎贝拉公主的效忠，拉拢了两艘铁甲舰在内的五艘大型军舰护送他们离开。
巴西海军总共拥有五艘铁甲舰，两艘排水量总吨位达到7800吨的主力战舰脱离编制，使得新成立的共和海军战斗力瞬间缩水一半。
海军是高技术兵种，巴西海军的中高层军官百分之八十以上出身上层阶级，因为佩德罗二世不合时宜的改革，大部分地主、贵族放弃了对他的支持，不过面对帝制统治的终结和政治权力遭受严重削弱的后果，约四成的海军官兵选择效忠帝国皇储，期望跟随伊莎贝拉公主打回里约热内卢，夺回中央政府控制权。
巴西共和政府掌控海军军舰的行动不像掌控陆军那般顺利，1879年8月21日，300余名海军官兵擅自离开军港，驾驶两艘中型护卫舰向北部海域驶去，8月23日，七名中层军官策划煽动海军士兵控制剩余的三艘铁甲舰投奔伊莎贝拉，结果被警觉的军港守备司令发现，及时制止了他们的行动。
海军人心浮动，主力军舰吨位流失近一半，中下层军官流失约七成，大踏步接收中部、南部各地区军事控制权的共和派政府陡然间，遭遇到一个严重的挫折。
海军实力的流失与削弱，一方面导致共和政府对海军不信任态度的加剧，大量出身贵族家庭的海军军官被勒令禁止登上军舰，剩余的三艘铁甲舰和十余艘军舰被集中到里约热内卢军港内，由丰塞卡派出的陆军部队严格把守港口炮台和出入口，预防海军投奔北方的事变再次发生。
另一方面，伊莎贝拉公主一行两千余人抵达
巴伊亚州首府萨尔瓦多，凭借伊莎贝拉帝国皇储的身份和加西亚上将、福罗伯特公爵、埃贝尔中校等保皇党将领在军队中的影响力，驻守萨尔瓦多的一万五千余中央军宣誓效忠伊莎贝拉公主，此后，加西亚上将和福罗伯特公爵将跟随伊莎贝拉公主从里约热内卢逃脱出来的军官分派到一万五千名士兵中，对萨尔瓦多的军队进行重新改编。
8月22日，军队修整补充两日，滞留萨尔瓦多城内的保皇党军队快速扩增到两万五千人，当天中午，在福罗伯特公爵主持下，伊莎贝拉公主自行加冕巴西帝国女皇，对外宣称共和政府为叛逆，号召巴西各地军队效忠帝国，消灭共和政府。
继位大典上，伊莎贝拉女皇任命福罗伯特公爵为帝国首相，统理帝国政务，賜封加西亚为阿卡茹公爵，军衔提升为帝国元帅，担任帝国陆军总司令职务，賜封埃贝尔中校为帝国伯爵，同时晋升军衔为少将，负责协助加西亚元帅管理军队。
匆匆完成帝位继承大典，加西亚元帅与埃贝尔少将率领一万四千余军队，乘坐四十余艘大小军舰北上整合北部各州的巴西军队。
8月24日，分散在塞尔希培州、阿拉戈斯州的中央军先后加入加西亚所部，8月25日，埃贝尔少将乘坐军舰在伯南布哥州沿海地区登陆，当天晚上，保皇党军队进入北部重镇累西腓，6千驻守的中央军并入埃贝尔所部。
至8月末，皮奥伊州、北里奥格兰州、马拉尼昂州等北部地区大部归顺保皇党，伊莎贝拉政府名下所掌控的地区扩大到九个州，接受保皇党指挥的巴西军队数量达到近6万人。
政变迭起，共和政府和保皇党势力为图消灭对方，大肆征兵扩张军事实力，9月初，北方保皇党军队数量扩增到8万人，南方共和政府名下军队总量超过15万。
共和政府控制着里约热内卢、圣保路等人口密集地区，军队总量是保皇党势力的近两倍，不过共和政府直面巴拉圭、汉国威胁。
新政府成立伊始，蓄谋已久的小洛佩斯就倾巢出动4万军队，沿着圣保罗州与米纳斯吉拉斯交界处突进，意图击溃正面的巴西军队，长驱直入里约热内卢，将巴西帝国核心领土纳入巴拉圭辖下统治。
在小洛佩斯孤掷一注的攻击下，不到两周时间，共和军各部总共付出一万两千人的代价，6万余军队被调动到圣保罗州和米纳斯吉州，用以阻击巴拉圭军队的持续性突击。
巴拉那州一线，和谈失败的消息传出，汉国方面加紧向北部边疆地区调动兵力，至九月初，巴拉那州、洛州（圣卡塔琳娜州）聚集的两方兵力总数达到9万人。
去除被汉国、巴拉圭牵制的兵力，用于应对保皇党的军力大概在7万人左右，单一战线方面，巴西共和政府并不占据优势。
1879年9月3日，保皇党避开共和政府重点布防的陆上防线，调派兵力搭乘军舰直接从海上攻击里约热内卢，海上战斗呈现一边倒的状态，共和政府掌控的海军与保皇党舰队战斗不到半个小时，共和政府海军舰队就处于绝对的下风，为了保存共和政府仅存的海军力量，共和政府命令海军舰队退守军港，同时，根据英国与巴西共和政府的私下协议，英国英国公使奥斯顿命令远征舰队出动干涉巴西内战，阻止保皇党舰队继续深入里约热内卢近海领域。
英国介入巴西两派争端，帮助共和政府暂时解决了保皇党的海上威胁，但是陆地方向，巴拉圭、汉国的军事进攻与威慑压迫得共和政府整日提心吊胆。
9月5日，莫拉伊斯再次拜访英国公使奥斯顿，恳请英国远征军调派兵力，协助共和军阻击巴拉圭军队，要求被英国公使拒绝后，莫拉伊斯郑重向奥斯顿提出要求，希望英国政府体谅共和政府的难处，由英国政府出面，逼迫巴拉圭、汉国停止对巴西的敌对行动，重启停战谈判。
巴西南北分裂，共和政府甫一成立就面临被瓜分危机，为了继续执行南美平衡政策，减小误判巴西内战局势造成的损失，英国政府被迫接受巴西共和政府请求，降低和谈条件，主动邀请汉国、巴拉圭两国参与停战谈判。