袁崇焕耽心毛文龙的部下生变，奏请增加饷银。但查核部队实数，兵员比毛文龙虚报时少得多了。崇祯见兵员少了，饷银反增，颇为怀疑，但都一一批准。以崇祯这样刚强的性格，这时迫于形势而不敢得罪袁崇焕，实已深深伏下了杀机。
毛文龙在皮岛，俨然是独立为王的模样，不接受朝廷派文官监察核数、滥杀难民冒功、侵吞军粮、军纪不肃，的确有罪。但袁崇焕以尚方剑斩他的方式，却也未免太戏剧化了些。明朝赐尚方剑给主帅，用意是给主帅以绝对权威，部将如不听指挥，立即可以诛杀。然而毛文龙的罪行都非紧急，也不是反叛作乱。何况毛文龙也是受赐尚方剑的。
毛文龙在皮岛，毕竟曾屡次出兵，骚扰满清后方，是当时海上惟一的一支机动游击队，满清对他也一直颇为重视忌惮。
这十二条罪状中，有几条平心而论并不能成立。毛文龙说取登州、南京如反掌，只不过一时夸口，并非真的要造反，不过皇权专制时代，说这种话确是大逆不道；向外国买马，当是军中需要；擅自封官是得到朝廷授权的，部将喜欢姓毛，旨在拍主帅的马屁，也没有什么大不了；不能恢复寸土，只能说他无能，却非有罪，要打败清兵，恢复失地，谈何容易？在岛上为魏忠贤塑像，更难以加他罪名。天启年间，魏忠贤权势熏天，各省督抚都为魏忠贤建生祠、塑像而向他跪拜。当时袁崇焕在宁远也建了魏忠贤的生祠。时势所然，人人难免。
毛文龙真正的重大过失，是不受节制，在他所控制的军区中独立行事，不听上级指挥。在大战之时，大将独立自主，不奉命令，当然是违反军纪的重大事件。
毛文龙死后，部将心中不服，颇有逐渐叛去的，其中重要的叛将有孔有德（后降清封定南王，镇广西）、耿仲明（降清封靖南王，镇福建）、尚可喜（降清封平南王，镇广东）。这三人投降满清，为清朝出了很大力气，甚至把西洋火器带了过去。清初四大降王，除吴三桂外，其余孔、耿、尚三人都是毛文龙的旧部。不过这也不能说是袁崇焕的过失。[95]
对于“杀毛事件”，当时舆论大都同情毛。一般朝臣认为，毛文龙即使有罪，他是一个大军区司令，也只能由皇帝下旨诛杀。皇帝的统治手段，主要只是赏与罚。袁崇焕擅杀大将，是严重的侵犯了君权。
当时小说盛行，有人做了小说来称誉毛文龙。一部是四十回的《辽海丹忠录》，是杭州人陆云龙所作，大捧同乡毛帅。另一部是作者不署名的《铁冠图》（不是讲李自成事迹的那一部），以毛文龙为主角。
当时大名士陈眉公对“杀毛事件”抨击甚烈。另一个大名士钱谦益是毛文龙的朋友，对朝野舆论当然也有影响。《明季北略》甚至说：袁崇焕捏造十二条罪名来害死了毛文龙，与秦桧以十二道金牌来害死了岳飞完全一样。却又是过份的批评了。
推测袁崇焕所以用这样的断然手段杀毛，首先是出于他刚强果决的性格。其次，文人带兵，一定熟读孙子兵法，对于孙武杀吴王爱姬二人、因而使得宫中美女尽皆凛遵军法的故事，对于“将在军，君命有所不受”的军法观念，一定印象十分深刻。那时候宁远、锦州、蓟州各处军事要地都曾发生兵变，如不整饬军纪，根本不能打仗。袁崇焕明知这样做不对，还是忍不住要杀毛，推想起来，也有自恃崇祯奈何他不得的成份。最后，毛文龙接近魏忠贤，袁崇焕接近东林清流，其中也难免有一些党派成见。
袁崇焕杀毛文龙一事，论者多认为大招崇祯之忌，是袁崇焕被杀的主要原因之一。到底袁杀毛一事，真是合理而必要，还是犯了错误？这在袁崇焕的一生，是一个重要问题。
第一：袁崇焕有没有杀毛之权？袁崇焕于崇祯元年受任为兵部尚书、兼右副都御史、督师蓟辽、兼督登莱天津军务。明朝兵部尚书相当于现代的国防部长兼总参谋长，有军令权，可指挥陆军、海军，御史略等于现代的政治委员，是皇帝的代表，在部队中监督统帅。“督师”是带兵的最高级文官，袁当时官职相当于国务院副总理、国防部长兼野战军总司令兼政委，又兼陆海军前敌总司令。毛文龙的皮岛军区归他管辖。临敌之时，麾下大将如果不听指挥，主帅将之斩首，中国历史上事所常有。例如诸葛亮斩马谡，临终时遗命斩魏延。尚方剑是“皇帝诛杀臣下之权力的象征”。袁崇焕受赐尚方剑，即是崇祯赐给他专杀之权，他用尚方剑杀毛文龙，是代表皇帝杀的。[96]
第二：毛文龙是否真的有罪？毛文龙先前抗清有功，在皮岛起了一些牵制作用，但他立功升官之后，自大起来，皮岛军区只二万多名官兵，他却要领十万名官兵的粮饷，不接受中央审核，并自行设立市场做生意，派官兵去邻国朝鲜挖人参，取貂皮。还收取海上过境税，强迫朝鲜缴纳粮米（侵犯中央的外交权）。后勤部建议皮岛的粮饷由宁远（袁的总司令部）转发，以资核实，毛坚不接受。宁远大战时，局势紧急，毛文龙部队在清军后方，却不出兵应援或配合牵制。中央要求皮岛饷银由宁远转发，毛文龙不肯，双方交涉得紧了，毛文龙威胁说：“我带兵南下，攻打登州、莱州，取南京犹如反掌。”登州、莱州是袁崇焕直辖的军区，南京是明朝的南都，明太祖的龙兴之地。中央无奈，只好暂不坚持。袁崇焕受任之前，曾与首辅大学士（约相当于宰相）钱龙锡商量，要杀毛文龙以确立军纪。钱龙锡不表反对，但劝他慎重。
第三：毛虽有罪，是否应杀？当时军纪废弛，兵士为了索取欠饷，常常哗变，杀害上官。军纪不肃，无法打仗。袁崇焕曾向崇祯夸口，要五年复辽。如无一支纪律如铁的精兵，怎能抗清复辽？要树立军纪，必须先整肃不守纪律、不服从命令的大将。毛文龙的军阶是总兵（还带都督衔，约略相当于军长、军区司令），和祖大寿、满桂等相同，统兵号称十万（实际约二万八千名）。当时袁崇焕所指挥的部队，全部约六万名，如将毛部近三万兵收过来统一指挥，对军务有极大好处。袁与毛在岛山见面，长谈三日三夜，毛始终不听指挥。袁劝他退休回去西湖享福。毛文龙夸称熟悉朝鲜情形，灭清之后可顺手取得朝鲜。在此情形下，不杀毛文龙无法抗清。打个比方，如果当年林彪统带第四野战军，在东北要独立自主，不服从中央命令，宣称打垮国民党部队后要乘机攻取南北朝鲜（事实上林彪没有这样做，也未宣称）。中共中央不杀林彪，这场仗就打不下去了。
第四：当时有人说，袁崇焕不应该当场杀了毛文龙，应将他逮捕，送到北京去请崇祯处理，或者先请皇帝批准而再杀他。当时大学者黄梨洲评论说：“文龙官至都督，挂平辽将军印，索饷岁百二十万缗（两），不应则跋扈，恐吓曰：‘臣当解剑归朝鲜矣。’则其内怀异志非一日也。”梨洲又云：“参貂之赂贵近者，使者相望于道……崇焕朝请，文龙夕知。”朝廷中的大官收受毛文龙贿赂甚多，袁崇焕一提出申请，毛文龙即刻知道，有了防备，极可能激得他起兵造反。如将他逮捕送去北京，他部下官兵很多是他义子义孙，有可能动武抢夺，引起内战。就像《三国演义》中写魏大将邓艾在蜀被朝廷下令擒入囚车，邓的部属武力抢夺囚车。
第五：也有人说，袁崇焕去宁远当统帅之前，决心整肃军纪，要杀毛文龙，和首辅钱龙锡商议。其实他直接请示皇帝更好，因为崇祯先得到杀毛的讯息之后，袁再杀毛，崇祯就不会惊愕恐惧，害怕袁崇焕权太大。然而崇祯更信任宦官厂卫，而这些宦官厂卫都收受毛文龙的贿赂，袁崇焕对皇帝一说，毛文龙很快就知道了。
春秋时，《孙子兵法》的作者孙武向吴王表演治军之法，要杀吴王的两名爱姬，因二姬不奉军令，嬉笑不绝。吴王大惊，派人去向孙子说：“寡人已知将军用兵矣。寡人非此二姬，食不甘味，宜勿斩之。”孙子曰：“臣既已受命为将。将法在军，君虽有令，臣不受之。”还是斩了两个爱姬，部队肃然，奉命惟谨。吴王不悦，说：“我知道你善用兵了，将军请下去休息罢，我不想再看了。”吴王虽然心痛爱姬之死，还是接受伍子胥的劝告，重用孙子带兵，破楚、灭越、威齐，吴国霸于天下。
崇祯的度量，比之吴王阖闾是差得多了。见识也差得多了。
崇祯因袁崇焕杀毛文龙而杀袁，等于三国时蜀汉的刘禅因诸葛亮斩了马谡，把诸葛亮杀了。
十二
这时候朝廷又欠饷不发了。袁崇焕再上奏章，深深忧虑又会发生兵变，更忧虑兵卒哗变后不再接受安抚，从此变为“大盗”。他说一定要发生一次兵变，才发一次欠饷，而发了欠饷之后，又一定将负责官员捉去杀了一批，这样下去，永远是“欠饷—兵变—发饷—杀官—欠饷”的恶性循环。[97]这道奏章，当然只有再度加深崇祯对他的憎恨。
崇祯二年春，袁崇焕上奏，说山海关一带防务巩固，已不足虑，但蓟门单弱，须防敌人从西路进攻。这时蓟辽总督是刘策，懦弱而不懂军事。袁崇焕看到了防务弱点的所在，第一道奏章上去，朝廷没有多加理会，他再上第二道、第三道。崇祯下旨交由部科商议办理，但始终迁延不行。拖到十月，清兵果然大举从西路入犯，正在袁崇焕料中。首当其冲的，正是刚刚发生过索饷兵变的遵化。
明朝初年为了防备蒙古人，对北方边防是全力注意的，好好修筑了长城，设立辽东、蓟州、宣府、大同、太原（统偏头、宁武、雁门三关）、陕西、延绥、宁夏、甘肃九大边防军区，那便是所谓“九边”。东起鸭绿江，西至酒泉，绵延数千里中，一堡一寨都分兵驻守。但后来注意力集中于辽东，其他八镇的防务就废弛了。
明太祖本来建都南京，成祖因为在北京起家，将都城迁了过去。在中国整个地形上，北京偏于东北，和财赋来源的东南相距甚远。最不利的是，北京离开国防第一线的长城只一百多里，敌军一攻破长城，快马奔驰半天，就兵临北京城下。金元两朝以北京为首都，因为它们是来自北方的游牧民族，不敢深入中原，一旦有变，可以立刻转身逃回本土。明朝的情况却根本不同。成祖对蒙古采取攻势，建都北京便于进攻，后来兵力衰弱，北京地势上的弱点立刻暴露无遗。[98]本来，两个互相敌对的社会是不可能长期对峙的，僵持一段时期之后，终究是非进则退。[99]明朝既坚决不肯和满清议和，形势上又无力进攻，再将京城暴露在敌人大兵团朝发夕至的极近距离之内，根本战略完全错误。以汉人为主的中华民族所以伟大，主要是在文治教化和农工商经济，征战本非所长，[100]如果基本战略一错，局势就难以收拾了。
满清这次进军皇太极亲自带兵，集兵十余万，知道袁崇焕守在东路，攻打不进，于是由蒙古兵作先导，绕道西路进攻。出发前对王公大臣说：“明朝倘若肯和，我们采参开矿，与他们交易，换来布疋，大家共享太平，岂不极好？但我几次三番的求和，明朝总是不允，这次非狠狠打一仗不可。”十月初五，抵达喀喇沁的青城。这条路很远，行军不便，诸将见到了前途的艰难，不少人便主张退兵，其中以代善及莽古尔泰两大贝勒主张最力，认为：深入敌境，劳师袭远，如果粮匮马疲，又怎么回得去？纵使攻进了长城，明人势必聚集各路兵马围攻，我们便寡不敌众，要是后路遭到堵截，恐无归路。金人的根本是在辽宁、吉林一带。从山海关进攻北京，那是安全的进军路线，如果打不胜，退回去就是了。现在远远的绕道蒙古，当时运输工具简陋，粮草很容易接济不上。那时代善四十九岁，是皇太极的二哥，莽古尔泰四十三岁，是皇太极的五哥，两人都在四大贝勒之列，权势颇大，比较老成持重。
少壮派大将岳托与济尔哈朗等人则支持皇太极（当时三十八岁，排行第八）的进军主张。岳托是代善的儿子，当时年龄不详，相信最多三十岁，济尔哈朗是皇太极的堂弟，三十四岁，都是勇气十足。那日开军事会议密商，直开到深夜，在皇太极的坚持下决定继续进攻。但皇太极也知道此行极险，第二日早晨重申军令，不准吃明人的熟食，以防中毒，不准酗酒，采取柴草时必须众人同行，不可落单，充分显露了战战兢兢的心情。皇太极爱读《三国演义》，这次出师，很有邓艾伐蜀、深入险地的意味。[101]
自青城行了四天，到老河，兵分三路，皇太极命岳托、济尔哈朗率右翼四旗和右翼诸部蒙古兵攻大安口；七哥阿巴泰、十二弟阿济格率左翼四旗及左翼诸部蒙古兵攻龙井关；他自己亲率中军攻洪山口。三路先后攻克，进入长城，进迫遵化。
袁崇焕于十月廿八日得讯，立即兵分两路，北路派镇守山海关的赵率教带骑兵四千西上堵截。他自己率同祖大寿、何可纲等大将从南路西去保卫北京。沿途所经抚宁、永平、迁安、丰润、玉田诸地，都留兵布防，准备截断清兵的归路。
崇祯正在惶急万状之际，听得袁崇焕来援，自然是喜从天降，大大嘉奖，发内帑劳军（这次是心甘情愿了），发表袁崇焕作各路援军总司令。[102]
袁崇焕部十一月初赶到蓟州，十一、十二、十三，三天中与清兵在马升桥等要隘接仗，每一仗都胜。清军半夜里退兵。
但北路援军却遭到了重大挫败。赵率教急驰西援，到达三屯营时，总兵朱国彦竟紧闭城门，不让他部队进城。赵率教无奈，只得领兵向西迎敌，在遵化城外大战，疲兵被清军阿济格所部的左路军包围歼灭，赵率教中箭阵亡。遵化陷落，巡抚王元雅自杀。